У більшості держав прапора регулювання і забезпечення виконання міжнародних договірних зобов’язань і національних законів здійснюється через агентство морської адміністрації. Це, як правило, національна урядова організація, наприклад, в США це Берегова охорона США, а в Великобританії – Міністерство транспорту (зв’язок з якою відбувається через MCA). Країни прапора для зручності часто делегують свої морські адміністративні обов’язки комерційним організаціям. Наприклад, регістр Маршаллових островів ведеться з Рентона, Вашингтона, округу Колумбії, і Лондона.
Функції адміністрації держави прапора полягають в тому, щоб установити, чи контролювати і забезпечувати дотримання стандартів безпеки та запобігання забрудненню на суднах, що плавають під державним прапором, і забезпечувати дотримання цих же стандартів для іноземних суден, які відвідують порти цієї держави. Адміністрація розроблятиме, встановлюватиме і буде забезпечувати дотримання нормативних правил торговельного мореплавства для держави прапора, а також проводити огляд та інспекцію судів відповідно до національних і міжнародних правил. Це також включає в себе встановлення та забезпечення дотримання стандартів компетентності моряків, які перебувають під її юрисдикцією.
Адміністрація прапора також буде розслідувати події за участю суден, що плавають під її прапором, і інцидентів з іншими судами, коли вони відбуваються в національних водах (в Сполученому Королівстві – Відділ розслідувань морських пригод (MAIB)). Адміністрація стверджує типи обладнання для своїх судів відповідно до міжнародних правил і дає рекомендації щодо навантаження небезпечних вантажів і багато іншого.
Багато Адміністрацій держав прапора також беруть участь в підвищенні міжнародних стандартів і направляють своїх представників в міжнародні комітети, зокрема зустрічей Міжнародної морської організації (ІМО) та стратегічні органи.
Саме держава прапора несе відповідальність за рівні безпеки і повинна забезпечувати надання інформації про рівень безпеки суднам, що мають право плавати під їх прапором. Це включає надання керівництва по розробці Планів безпеки судна і керівництва щодо заходів безпеки та видачу, при необхідності, Міжнародних сертифікатів безпеки для його суден (вимога згідно з положенням XI-2 / 3.1 СОЛАС).
